در مقدمه این کتاب آمده است : « اصلاحات در ایران معاصر به دو گونه اصلاحات درون حکومتی و اصلاحات برون حکومتی تقسیم شده است. اصلاحات نوع اول در عصر قاجاریه توسط افرادی چون عباس میرزا به شکل اصلاح طلبانه و رفرمیستی انجام می گرفت. امیرکبیر نیز در این دوره با قبول شالوده نظام سیاسی تلاش داشت در چارچوب نظام مستقر از ظرفیتهای موجود برای ایجاد اصلاحات در راستای سامان دادن به امور و رفع موانع و غلبه بر آن چه عقب ماندگی کشور را به دنبال داشت عمل کند».

روش تحقیق در این اثر تاریخی است، اما تاریخ به مفهوم سنتی یعنی وقایع نگاری نیست، بلکه این وقایع و اتفاقات با روش تحلیلی بررسی شده اند.

فراز و فرود اصلاحات در عصر امیرکبیر در 3 فصل اصلی تشکیل شده است. فصل اول و دوم درباره ساختار حکومت و لزوم تغییرات است و زمینه اقدامات و اصلاحات امیرکبیر در آن آمده است.

ساختار حکومت در دوران قاجار و آغاز روابط با اروپا عنوان فصل اول کتاب است که در آن عناوینی نظیر نام و نشان قاجار، آغاز روابط با اروپا، درگیریهای ایران دوره قاجار با سیاستهای استعماری، ساختار دولت، جنگهای ایران و روسیه و صنعت در دوره قاجار مورد بحث و بررسی قرار گرفته است.

فصل دوم لزوم تغییرات اجتماعی نام دارد که شامل عناوینی نظیر مدرنیسم، لزوم بازسازی تغییرات اجتماعی، آغاز تحولات در ایران، مراحل اندیشه نوسازی در ایران، تجدد طلبی و نوگرایی است و به بررسی نحوه تحولات در ایران از دوره عباس میرزا و قائم مقام فراهانی می پردازد.

فصل سوم فراز و فرود اصلاحات در عصر امیرکبیر است که به اقدامات امیرکبیر در دوره صدارت او اختصاص دارد . این فصل  شامل عناوینی نظیر امیرکبیر قبل از صدارت، داوران صدارت وی، امنیت داخلی در دوران صدارت، دوران صدارت وی، امنیت داخلی در دوران صدارت، اصلاحات میرزا تقی خان، سیاست خارجی امیرکبیر، رویکرد وی به مذهب و واقعیتهای دینی، عزل و قتل امیرکبیر، نظرات برخی مورخان داخلی و خارجی درباره وی می باشد.